日本的佛教，是宗派分明的佛教。在早期，佛教各宗是由中国创设的，传入日本后，逐渐演变为各宗混合的状态，例如“禅净双修”、“教禅一致”、“八宗兼弘”等，信徒的信仰也以各宗兼修为常态。但在平安时期以后，日本的佛教信徒逐渐倾向专精信奉护持一宗一派，例如念佛的人不坐禅，坐禅的人不念佛，天台就是天台，华严就是华严，绝不容别宗的混入，所以专持一宗的修法，是日本佛教的特质。
　　宗派主义的修行法，在个人修养上能够专一不混杂，固然有其优点，但从整个佛教的立场看，例如鎌仓、室町的佛教，可以说是宗派缤纷，百家齐鸣的时代；到了现代的新宗教间，常有因互不相让的分歧见解，而引发教团间的纷争事件，这是无法避免的缺失。因此，日本在近年来有各宗联合会或友谊会的组织，就是为弥补此一缺点而产生的。

　　除了上述的特点外，佛教自印度兴起，经中国、朝鲜而传到日本，为适应日本人的思想、文化、生活等，在彼此相互容摄之下，而产生一种独特的日本佛教。总结其特色，有以下几点：

　　日本佛教被视为保护国家的宗教，佛教徒也以护教者自居，因此佛教成为与皇室有密切关系的国家佛教。

　　日本为维护国家安危，特重密教的咒术祈祷，因此咒术祈祷深深融入日本民众的生活之中，成为追求现世利益的良方。

　　日本初期佛教，僧侣并不参与死者的丧葬。到了中世，禅宗传入以后，中国丧礼法也随之传入，僧侣始担当死者丧礼的主持人。其后，由于净土信仰普及，因此主持丧礼遂逐渐成为僧侣的重要职务。

　　江户时代的檀家制度盛行，致使佛教成为家族宗教。

　　日本佛教因与古来的神道思想同化、融和，而有所谓“本地垂迹”思想的产生。本地垂迹说，揭示神只为佛陀所化现，所以各种神都被指为佛菩萨的化身所变现；神只既是佛陀，神佛乃是一体，因此佛菩萨变化为神。这样佛教和神道之间有着共同的领域范围，而神道也列入了佛教的体系。自此以后，佛教与神道便成为日本宗教思想的一个整体。

　　现代日本的佛教，是现代学术化的佛教。日本每个国立大学里，几乎都设有印度哲学科和中国哲学科，以资佛学研究，同时在各宗派中，都设有佛教大学或佛教专科学校，作为佛学的研究机关。由这些佛教教学系统培养出的佛教人才，不计其数。从早期开拓现代佛学，功绩显赫的原垣山、村上专精、高楠顺次郎、木村泰贤、宇井伯寿、荻原云来、境野黄洋、常盘大定、椎尾辨匡、佐佐木月樵、望月信亨、齐滕唯信、渡边旭海、羽溪了谛、小野玄妙、南条文雄、河口慧海、卫藤即应、友松圆谛、岛地大等，还有前田慧云、鹫尾顺敬、长井真琴、忽滑谷快天、立花俊道、宫本正尊、林屋友次郎，乃至近代的佛学专家水野弘元、中村元、平川彰、长尾雅人、结城令闻、鎌田茂雄、平井俊荣等，人才济济，深深影响了日本现代佛教的走向。

　　日本全国由各宗派所创建的佛教系大学，简介如下：

　　驹泽大学（东京都） 曹洞宗所创，具有三百多年历史，以道元的禅学一如为校训，设有佛教学部、禅学科，另外也有文学、商学、法学等科，是一所综合大学。

　　爱知院大学（爱知县） 曹洞宗所创，明治九年设立。文学部宗教科，设有佛教学、禅学、宗教学等科。

　　大正大学（东京都） 大正十五年，天台宗大学和真言宗的丰山大学、净土宗的宗教大学合并而成，昭和十八年再加上“智山专门学校”而成三宗四派的联合大学，佛教学科中设有梵文学、天台学、真言学、净土学等科。

　　高野山大学（和歌山县） 古义真言宗所创。大正十五年，为贯彻空海的教育精神而正式成立“高野山大学”，设有密教学科、佛教学科。

　　大谷大学（京都市） 净土真宗所创，明治三十四年设，真宗大学是他的前身，以亲鸾的佛教精神为基盘。

　　龙谷大学（京都市）　净土真宗所创，明治二十一年设

　　花园大学（京都市）　明治五年，临济宗所创。 　　佛教大学（京都市）　明治初年，净土宗所创。

　　立正大学（京都市）　明治五年，日莲宗所创。

　　种智大学（京都市）　明治十四年，真言宗所创。

　　同日大学（名古屋市）　大正十年净土真宗所创。

其他还有四天王寺女子大学、创价大学、日本福祉大学等。

　　另外，在学术方面的研究学会有：印度学佛教学会、大谷大学宗教学会、驹泽大学宗教学研究会、驹泽大学禅学研究所、驹大佛教学会、种智院大学密教学会、禅学研究会、大正大学国际佛教研究所、大藏经学术用语研究会、东北印度学宗教学会、南部佛教研究会、日本宗教学会、日本佛教学会、佛教经济研究所、佛教大学学会、佛教文学研究会、日本密教学会等，每一个学会都出有学报，半年一期或一年一期。 　　综观日本的佛教，早期在“教理”和“实践”上，是承袭中国传统。像天台宗的“圆顿戒”，净土真宗的“信念主义”，禅宗的“生活即佛法”，密宗的“即身成佛论”等教理，都是中国原有的。日本佛教的优点，也是特色所在，是在教化方面，例如日本的佛教是国家化、社会化，从佛教初传，日本就是以国家的立场来接受、创办佛教事业，而且上行下效，佛教自然能深入社会各阶层，不只是宗教层面的信仰，更融入人民的生活里，日本人的婚丧喜庆都和佛教有密切关系，日本的文学、剑道、茶道、绘画等等，都深受佛教的影响。到了二十世纪，日本将佛教的理想诉诸于现实层，一边参加法会祝祷，祈福消灾，一方面做学术性的文献考证研究，其学术研究成果已取得国际间的重视与肯定，堪称是当今佛学研究的重镇。但在另一方面，日本佛教至今仍保有“在家化”的特色。早先最澄主张的“真俗一贯”，空海主张的“真俗不离”，及亲鸾提倡的“在家佛教”等，都可以看出日本对出家、在家的界限并不很分明；现在日本的僧侣大都是可以娶妻生子，这种现象成为日本佛教的一大特色，但也失去了佛教的原点。