一．日本转让定价税制的背景及法律渊源
日本转让定价税制的建立始于1986年，与其他发达国家相比相对较晚。关于引进转让定价税制的背景，日本税制调整会在1985年末的报告中指出：近年来，随着企业活动国际化的进展，通过操纵转让定价向国外关联者转移所得，也就是转让定价问题成为国际课税的重要问题，而现行法规对这一问题没有提出相应对策，从公正、平等纳税的角度来说这将成为一个重要的问题，考虑到许多国家都对此采取了对策，所以日本也有必要对法人与国外的特殊关系者交易时的价格作出调整，以确保日本的税收收益”。
日本在1986年4月1日通过的税收改革案中，以“与国外关联者交易有关的课税特别制度”为标题，首次将转让定价条款列入“租税特别措施法”(66—4条)中。新的法定条款获得通过不久，有关内阁会议决议和部长会议决议相继通过《租税特别措施法实施决议》和《租税特别措施法部长会议决议》。之后，日本国家税务局通过《租税特别措施法基本传阅通告》公布了更为详细的具体内容。
二．日本转让定价税制中关联企业的认定
关于转让定价，目前尚不存在一个在国际范围内被普遍接受的定义，且经合组织在《转让定价指南》中也并没有对转让定价做出明确的定义。转让定价又称为内部交易定价，而在国家税收中的内部交易指的是关联企业之间的内部交易。
日本的《特别税收措施法》第66条规定：关联企业特指日本公司及其国外联属公司。而国外联属公司仅指公司、公司组织及合作组织，而不包括个人、合伙及非公司组织。根据日本租税特别措施法及国税厅有关规定，如果满足下列条件之一，法人将被认定是相关联的：（1）如果拥有50%以上的所有权
1．日本企业法人与国外企业法人之间直接或间接拥有或被拥有50%以上股权的；
2．同一母公司同时直接持有2个子公司各50%以上股份，这两个子公司在税务上被认定为关联企业。
（2）与日本法人之间存在一种“特殊关系”
存在下列关系之一的，也会被认定为关联企业：
1．企业一方至少有一名常务董事以及一半以上管理人员由企业另一方派出；
2．企业一方的经营资金一半以上由企业另一方贷入或提供借款担保；
3．企业一方购进销售的商品一半以上是与企业另一方进行的；
4．企业一方的生产经营活动必须依赖企业另一方提供工业产权或专有技术才能正常进行；
5．其他控制与被控制的关系。
三．日本转让定价税制中纳税情报资料的搜集
（1）关联企业的年度申报
根据日本国会1991年批准的转让定价修正案的有关规定，凡是适用转让定价税制的日本公司负有填写报表的义务，必须在规定的期限内依法向当地税务当局填报其与外国关联企业交易的有关情况，包括附送转让定价资料和关联企业的账册、资料等有关财务报表，并填报“外国关联企业情况明细表”，内容包括：外国关联企业名称、地址、经营范围、资本金额、与日本公司的任何特殊关系、股东持股比例，包括何人拥有股票和取得股票的日期，报表要求纳税人公布存货资产的购买或出售、有形资产的租金、无形财产的使用费、提供劳务的价格、贷款的利息等内容，关联企业所属集团的经营方针也要加以说明。该报表与所得税申报表同时填报。
（2）实地调查收集情报资料
日本税务当局对一些重大的转让定价案件，在取得缔约国有关当局同意的前提下指派专人进行海外调查，并在一些国家派驻代表收集和反馈有关情况和信息资料。
（3）基于税收协定的情报资料收集
由于转让定价的调查内容是与外国关联企业间的业务往来，所以要收集、了解的资料就不仅仅限于日本企业一方的资料，还必须对国外关联企业的资料进行收集分析，如请求外国税务当局提供关联企业情报资料对调查更有利时日本税务当局会积极通过协定国按有关情报交换条款，收集有关关联企业转让定价的资料，并按有关缔约国税务当局的要求提供日本公司有关转让定价的资料。
四．日本转让定价税制中的价格评价
日本税务当局根据上述规定来判断企业之间是否存在关联关系，并进一步判断企业与其关联企业的交易价格是否存在不正常情况。正常交易原则是转让定价制度的核心原则，依据“正常交易原则”，在确认企业之间的某项交易价格是否合理时，税务当局参照同类产品在相似的销售条件下，由相互独立的买卖双方交易时形成的价格为标准价，将二者进行比较并得出结论。
从实践角度来看，税务当局拥有广泛的权力干预日本纳税人的转让定价交易。这些广泛的权力表现在两个方面上：第一，税务当局对OECD准则采取了非常严格的解释，主要审核单项交易的转让定价，只集中于单项产品的毛利；第二，在税务当局审核单项交易转让定价的做法既定的前提下，它们主要相信可比交易，在大多数情况下这些属于外部非受控可比交易，通过纳税人的竞争对手反向审计来获得，在审计过程中这些竞争对手要予以保密。在这种情况下，该纳税人不知道外部可比的来源，处于非常不利的地位。
具体来讲，日本对于转让定价是否符合正常交易原则的评价方法，主要有以下几种：
（1）可比非受控价格法
可比非受控价格法作为与OECD准则相一致的一种传统方法包括在日本法律中。该方法要求关联企业之间的交易价格应与独立的买卖双方交易价格相一致，并将交易所得同与其经营活动相类似的独立企业的获利相比较，得出可比利润的上下限。从理论上说，可比非受控价格法可适用于有形资产的转让、 无形资产的转让及集团内部服务等方面，最能体现“正常交易准则”的要求。但在实际做法上，在质量、数量、商标、品牌甚至市场经济水平的差别等方面，可比非受控价格法可以使用的情况非常有限。
（2）转售价格法
销售价格法是指将关联企业视为相互独立的供销双方，要求供应方的转让价格相当于销售方转售给第三方的价格减去合理的销售毛利。合理的销售毛利是指转售者获得的毛利要与市场上同类商品的其他销售者的毛利相一致。此法尤其适用于跨国公司内部交易中接受产品的一方不需要再进行物质加工使产品大量增值而将其直接销售出去的情况。
迄今为止，日本进行的很多转让定价审计都涉及到国外控制的日本纳税人，它们的主要功能就是在日本营销和经销海外生产的产品。日本税务当局在追踪拥有大量市场份额和高知名度品牌的公司方面表现得特别积极，在这种情况下，通常要使用转售价格法或准转售价格法。在使用转售价格法时，税务当局一般利用外部可比交易来确定适当的毛利，税务当局常常通过反向审计过程从纳税人的竞争对手那里获得这种信息。
法律要求对纳税人的交易与可比交易间的差异进行调整，然而，在实践中纳税人很难识别这种差异，因为外部可比来源是匿名的。在有些情况下，纳税人能够猜测出税务当局使用的外部可比交易，因为第三方的交易类似于纳税人的交易，常常受到极端限制。可是，纳税人仍然处于被动状态，因为纳税人无法获得综合性财产信息以及与外部可比交易相关的合同条款。此外，在某些情况下，这种调整过程可以说是税务当局与纳税人之间展开的一场激烈争夺战。
（3）成本加价法；
成本加价法是在生产者或销售商的实际成本上加毛利来确定转让价格的方法，毛利的确定须参照执行同种职能的独立公司所享有的毛利水平。在日本除了制造有形产品的公司使用成本加价法，服务公司也一直使用成本加价法。在日本从事生产所面临的语言和文化障碍使得直接向日本客户销售其产品的很多外国公司需要建立当地服务公司，以向其外国母公司提供服务，诸如市场调研和联络活动。 一般来说，服务费按服务公司发生的实际成本加上5%或5%以上的加价来计算。当税务当局获取了可比信息和转让定价审计的经验后，成本加价法的合理性很可能要受到仔细审查，特别是如果纳税人与外国母公司签订了合同，从事诸如研究与开发等其他活动，情况更是如此。
（4）利润分割法
利润分割法是目前《内阁决议》规定的唯一“其他方法”。可以预期，交易净利润法在不远的将来将成为日本法律体系的一部分，确保日本的做法与OECD准则相一致。在现实中，使用传统方法或准传统方法来确定正常交易价格常常遇到困难。《内阁决议》特别规定，利润分割法是唯一可供选择的方法。税务当局主要对日本跨国公司使用利润分割法，这是因为，日本税务当局按照利润分割法可以获得审核日本跨国公司所需要的信息，但当纳税人是外国控制的日本子公司而其母公司在海外时，同样的信息就很难获得。
依据《内阁决议》规定的利润分割法，来自无关各方的经营利润数额要按照根据日本纳税人及其外国关联企业的下列因素确定的百分比分配给日本纳税人：
1．购买、制造和营销活动发生的成本和费用；
2．上述这些活动中使用的固定资产数量；
3．用于产生所得的可以适当计量的其他因素。
日本税务当局一直强调使用利润分割法，这是针对美国对日本跨国公司的美国子公司使用可比利润法(CPM)所作出的反应。在90年代，日本跨国公司的利润毛利因日元升值而不断降低。可是，按照可比利润法，这些日本经销人一般要求与独立的美国经销人赚取相同的利润，利润分割法可以使建立在日本的跨国企业的这种升值日元的负担在美国和日本之间分担。当联系到审计外国控制的日本公司力图使用利润分割法时，税务当局会要求纳税人提供海外信息。依据日本法律，纳税人必须尽力满足这项要求，但不提供这类文件也没有惩罚。然而，如果纳税人完全不合作，而这种信息又是推导正常交易价格必不可少的，那么．税务当局的最后手段就是依据所谓的推定方法来评估纳税人。
五．日本转让定价税制中的价格调整及处罚
在日本当企业与其关联企业之间存在非正常交易价格时，对其进行价格调整一般有两种做法：一是与企业协商，让企业自行修改税务申报（在通常情况下，企业会接受税务当局的要求）；二是当企业拒绝修改其税务申报时，税务当局就要强行更正企业的税务申报，若企业不服，应先缴纳税款，然后可以上诉法院。在诉讼过程中，税务当局应就其对企业税务申报的更正内容向法院进行举证，由法院根据税务当局的举证资料进行判决。如法院一审判决对纳税人有利，税务当局可以向上一级法院提出复议。
在日本租税特别措施法以及转让定价税制的修正案中，对有关企业通过交易价格转移利润减少了应纳税额以及要求企业提供资料，企业不予配合的行为，作了处罚规定：
1．企业提供其海外关联企业的资料不真实的，按逃税处理，处以少纳税款30%的罚金；
2．税务当局在对一家企业与海外关联企业的交易作价进行调查时，要求另一家与其没有关联关系的企业提供有关资料，另一家企业不予提供的，要处以10万日元的罚款；
3．企业与其海外关联企业交易不按独立企业的作价原则收取或支付价款，而减少在日本应缴纳的税款时，要处以罚款，罚款金额按少报的税额乘以10%到15%的幅度，加上少报税额应加收的利息一半计算，情节严重的要加重处罚，将上述10%— 15%的幅度上升为35%。
六．日本转让定价税制中的预约定价制
预约定价制是由美国首先在1991年率先推行的，规定由纳税人将关联企业转让定价的做法事先向税务主管报告,经征纳双方协商认可后签订协议执行。这就把事后审计调整改为事先协商，有利于消除征纳双方的争议和大量烦琐事务,，减少人力、财力与时间消耗，征纳双方均可受益。有些国家为了进一步解决国际争议，采取了“双边预约定价制”新做法,进一步发展了这一措施。例如加拿大已分别与美国、澳大利亚和日本订立协议，由有关跨国纳税人向所涉及的国家双方申请转让定价协议，同时报送必要的文件资料，由双方同时审定、协商一致后分别与纳税人签约后执行。
日本在1987年以《传阅通告》的形式将事先确认制度（Pre—confirmation system，缩写为：PCS）纳入转让定价立法框架中，根据这种制度，纳税人自愿向税务当局提交确定正常交易价格的建议方法以备复查和确认。虽然这种确认在法律上不具有约束力，但总的来看它为税务筹划提供了很重要的可测性。自从1987年建立这种制度以来，事先确认制度越来越流行。为了进一步推行预约定价制，日本在1999年颁布了完善的预约定价指南。可以预料，适用事先确认制度的公司数量的迅速增加是公司更加渴望确保其全球转让定价政策可靠的体现。
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