在日本最便利的交通工具就是火车了。JR (Japan Rail) 为政府拥有，分布全日本。另外还有私人铁路公司。日本的火车有两种，一种是近郊或省内通行，分别由JR的六家区域公司提供：西日本、北海道、中部、东日本、四国、九州。一种是长途或跨省通行，即新干线。

如果打算长距离旅行，从京都到东京仅购买单程票就为13,520日元。相比之下，提前购买JR PASS（日本铁路周游券）合算得多。JR PASS是专门针对外国人且在日本“短期滞在”（以观光等目的在日本停留15天或90天）的，需在进入日本前提前在指定代理点购买换票证，在抵达日本之后到设有“日本铁路周游券”更换点的JR车站将“换票证”更换成“日本铁路周游券”。

如果只打算在某一个区域如关西内旅行，可以购买JR的区域周游券，如在关西的JR-WEST PASS。一日/二日/三日的关西券分别为2000/4000/5000日元，乘坐JR区域周游券，可在制定区域内无限制乘坐火车，但不可以预定座位，也不可以乘坐新干线。

全国通行的JR PASS有7日、14日、21日的。普通车的JR PASS 7日为28,300日元；14日为45,100日元。此类PASS可乘坐除NOZAMI外的新干线，以及在任何有预定席的区域火车预定座位。所有的火车站售票处都可以进行座位预定。

说到日本的火车就不能不发发牢骚。大家都说日本的火车非常准时，其实未尽然，火车也会晚点，但时刻表会立刻更新。

另外在日本的火车上大家都会自觉把手机关掉或静音，即使打电话也是走到一边去，绝对不会有对着手机大呼小叫的。每一个座位的背面都有各车厢的详细说明，而且乘客都很维护火车的清洁。