国营贸易是WTO所认可的为数不多的贸易管制手段之一。在日本现行法律体系中，对于国营贸易并未进行统一、明确规定，而是依据其向WTO所承诺的减让表，制定单独法律，对大米等个别农产品进口实行事实上的国营贸易管理。目前，日本对包括大米、小麦、大麦、生丝、黄油、脱脂奶粉、炼乳等约10种农产品进口实行国营贸易管理，但具体实施方式各有不同。在出口方面，据经济产业省表示，日本对于出口商品并未实行国营贸易管理。
一、 大米和大麦、小麦
根据《关于稳定主要粮食供需及价格法》（1994年12月14日第143号法律，又称“新粮食法”）及其《实施政令》和《实施规则》的有关规定，日本对大米、小麦和大麦进口实行国营贸易管理，主要内容包括：
1、关税配额管理：对大米、大麦和小麦进口实行关税配额管理，大米实现最低准入量（Minimum Access），而大麦、小麦为现行准入量（Current Access），配额内进口实行零关税，配额外进口实行高关税，大米配额外关税为341日元/公斤，大麦和小麦为55日元/公斤；
2、配额内进口部分由农林水产省（综合食料局）通过招标方式组织实施，对品种、价格、国别、用途等均有限制；配额外进口原则上实行自由贸易，但由于高额关税大大削弱进口产品的竞争力，导致配额外的一般进口数量极少。
1999年以前，日本按照WTO规定的最低准入量，严格控制大米进口数量。1999年4月，日本按照向WTO承诺对大米进口实施关税化，关税配额量每年固定为76.7万吨（相当于以前的最低准入量）。日本对大米进口关税配额实行招标，包括由政府控制的一般进口招标和SBS（即同时买卖）招标。其中，由政府控制的一般进口招标占绝大部分，数量约为66.7万吨，由综合食料局指定进口国别、品种等，以长粒米为主，我国大米所占比重很少，美国大米份额占50－60%。据农水省官员称，2006年日本实施肯定列表制度以来，中国南方大米因农残方面难以达到要求，中方企业甚至未能参加投标。在SBS招标方面，数量十分有限，每年仅有10万吨左右，品种主要为短粒米，我国东北大米在品质和价格方面很有竞争力，约占60％左右的份额。但是，在SBS方式下，进口商须将购得的进口米按照用户需求数量先卖给政府（农水省综合食料局），由后者加价后将同等数量大米卖给用户，这一方式使得进口大米的竞争力大打折扣。
进口大米在日本市场的流通被严格限制，难以直接进入日本人的“饭碗”。据农水省2007年7月公布的《关于米谷供需及价格稳定的基本指针》显示，从1995年4月－2007年3月，日本最低准入量项下累计进口大米791万吨，其中主食用仅为83万吨，约占10％，远远低于同期日本用于对外援助的日本米数量（114万吨）。此外，进口米用于制作大酱、烧灼、脆饼等加工用途281万吨，占35.5％；援助用212万吨，占26.8%；饲料用40万吨，占5%；库存175万吨，占22%。
从上述情况看，日本对大米进口的管理有效地保护了本国大米产业。事实上，日本内阁在1995年通过一项决议，规定在销售进口大米时，要避免对国内主食用大米市场造成影响。基于此，时至今日，进口米作为主食用在商店销售仍未获许可。但是，进口保护也给日本政府带来了巨大的财政负担。据了解，为维持巨大的库存，日本政府每年需支出约500亿日元的巨额费用。
二、 指定乳制品
按照1993年关税和贸易总协定（GATT）乌拉圭回合达成的最终协议，日本从1995年起每年须进口折合生乳13.7万吨的指定乳制品（包括黄油、脱脂奶粉、全脂加糖炼乳、脱脂加糖炼乳等），称为Current Access（“现行准入量”）。对于该部分进口，根据《畜产品价格稳定法》第2条、该法施行令第1条及其实施细则第2条，以及《加工原料乳生产者补贴等临时措施法》第2、3条及该法实施细则第2条等规定，由独立行政法人农畜产业振兴机构依照《独立行政法人农畜产业振兴机构法》的有关规定负责实施。此外，当国内出现乳制品价格暴涨或可能暴涨时，该机构根据农水大臣的指令，负责指定乳制品的进口业务。对于上述乳制品进口，该机构原则上以招标方式委托进口业者具体实施。
此外，根据GATT乌拉圭回合协议，日本从1995起对上述指定乳制品进口实施关税化，除上述指定进口部分外，一般进口业者可按照规定程序，向农畜产业振兴机构缴纳规定费用后实施进口。一般进口具体涉及28个税号的乳制品，进口业者须按规定将进口产品先卖给该机构再向该机构买回，该机构在此环节加价，加价幅度最低199日元/公斤，最高为949日元/公斤，不同税号的产品加价标准各有不同。
三、 生丝
根据“生丝价格调整法”（ 全称《关于生丝进口调整等的法律》，昭和26年即1951年法律第310号，最新修订为2002年）等相关法律规定，日本对生丝进口管理主要内容如下：
1、进口配额管理：年配额量约为4万俵（1俵＝60公斤），折合2400吨，由农水省每季度向生丝实际需要者分配配额；
2、进口关税和调整金：配额内进口须向独立行政法人农畜产业振兴机构缴纳190日元/公斤的调整金，不需缴纳关税，配额外进口须缴纳3068日元/公斤的进口关税和3910日元/公斤的调整金，二者合计高达6978日元/公斤。据了解，由于日本国内丝绸行业严重萎缩，加上绢丝进口自由化的影响，生丝进口配额使用率很低，仅有三分之一左右，而配额外进口几乎为零。
3、储备调节：农畜产业振兴机构承担生丝储备调节功能，但自2005年3月实现零储备以来，除非出现生丝价格暴涨的情况（可能性很小），今后不会维持储备。
四、 对国营贸易企业的支持措施及法律依据
日本对上述农产品的进口国营贸易管理，由农水省或独立行政法人农畜产业振兴机构组织实施。对于受政府或该机构委托从事具体进口业务的进口商，多采用竞争招标的方式确定，政府对该类进口商没有资金等方面的支持措施，否则将违背招标原则。
对于独立行政法人，国家对其资本金、运营费等有专门预算，对其从事具体业务还有专项资金支持。相关法律依据为《独立行政法人通则法》及《独立行政法人农畜产业振兴机构法》等专门法律作出的规定。