日本的高等教育从受了初等教育（小学6年）以及中等教育（中学3年、高中3年）的12年教育以后开始。
留学生可以入学的高等教育机构有以下5类。根据其设施形式大致分为国立、公立和私立。
（1）大学学部：
学习年限为4年，医学、牙医学、兽学为6年。
　　旁听生：旁听特定的科目，但是听讲资格和允许旁听的科目（学分）数等因大学而异。所修科目的学分不被认定。
　　科目等履修生：内容和旁听生同样，但所修科目的学分被认定之处和旁听不同。
（2）大学院：
有硕士课程和博士课程，有的大学还有研究生，旁听生和科目履修生制度。
博士课程：学习年限为5年，分为前期课程（2年，相当于硕士课程）和后期课程（3年）。但是，医学、牙医学以及兽医学的博士课程（完成了医、牙医、兽医学部6年的学习后进入大学院的学习所限4年。有设置5年一贯制博士课程的大学院，也有仅设置后期3年博士课程的大学院。
研究生：根据各大学的学则（学校规则）被许可的大学院的正规学生不同，不是为取得学位，而是一个学期或一个学年为期限，从事特定的专门研究的人。
（3）短期大学：
　　短期大学的学习年限通常为2年，不过也有像护士学科那样的情况。短期大学中，大约60％是女子短期大学，且家政科，文学，语言科以及教育，保健科等学科占半数以上。近年来，社会科学科越来越受欢迎。
（4）专修学校：
其中设置专门课程的学校叫做专门学校，并被承认为高等教育机构。专门学校是进行职业教育和学习实际生活中必要的知识和技能；技术的学校，学习年限从1年到3年不等，不过，一般以2年课程为主。
（5）高等专门学校：
高等专门学校以初中毕业的人为对象，进行5年一次的教育，是培养能够适应科学技术发展的技术人员的学校。其中，大部分是设有与工业有关的各种学科的工业高等专门学校。此外，还有高船高等专门学校等。
　　留学相关的日本教育制度管辖日本学校教育的行政机关是文部省，相当于中国的教育部。现以文部省所定的学校教育法为基准，就日本的教育制度，作一说明。
日本的学制为六三三四制，即小学六年、初中三年、高中三年、大学四年。学龄自满六周岁开始。小学及初中的九年属义务教育
通常，义务教育结束后有三种选择：升高中、进高等专门学校或专修学校的高等课程。高中的修业年限为三年;高等专门学校为五年（与商船有关的专业为五年半）;专修学校分为高等课程、专门课程、一般课程三种，修业年限均在一年以上。专修学校高等课程及专门课程分别以初中毕业者、高中毕业者或具有同等以上学力者为对象，而一般课程则是指高等课程和专门课程以外的教育项目。
　　因此，以'留学'身份来日本的外国留学生，只能接受专修学校专门课程以上的教育。设有专门课程的专修学校亦可称为专门学校，也就是专科。
日本大学学部的修业年限为四年，但医科、牙科及兽医学的大学修业年限为六年。四年制学部课程相当于中国的大学本科。
　　高中毕业后可升学的高等教育机构中还有短期大学，其修业年限为二年或三年。日本的短期大学在中国的教育制度中究竟相当于哪一种课程较难判定。
　　日本大学的'大学院'，在中国称为研究生院，相应修士'中国称为硕士。研究生院设有硕士课程和博士课程。硕士课程学制为二年，博士课程学制为三年。有的学校将博士课程分为前期二年和后期三年。前期的二年亦可看作为硕士课程。同样，也有单独设置后期三年博士课程的。
　　日本大学的医学、牙科及兽医学课程的学制为六年，因此大学毕业后可直接报考博士课程。博士课程的学制为四年。所以报考这一类的研究生院，必须具备18年以上的学历。并且若不修完大学的6年课程，将不具备参加国家（资格）考试的资格。
　　中国的进修生在日本称为'研究生'，为非正规学生。非正规学生还包括旁听生等。