日本义务教育的免费制度一直为世界各国所称道。但其相应的财政制度与日本的经济发展水平紧密相关,因此它在不断变化之中。日本1907年普及6年义务教育,家长为孩子的义务教育买单。1941年,实现免学费。二战后,学生仍需支付教科书、交通、午餐、校服、修学旅行等方面的费用。随着经济的高速增长,日本开始扩大政府负担范围,逐渐实现教科书免费,补助或全免贫困家庭子女的学习用品费、交通费、学校午餐费等。低收入家庭的子女可获修学旅行费资助,某些参观旅行方面的费用也可以免除。减免接受特殊教育的儿童学费之外的各种费用,偏僻地区的儿童也获得一定补助。
日本实行“义务教育费国库负担制度”,由中央财政和地方财政提供义务教育经费。根据最新统计,2005年度日本教育费总额占GDP的6.0%,公共教育经费占教育经费的76.78%,义务教育经费占教育经费的36.73%,公共经费占义务教育经费的97.56%(中央支出20.95%,地方支出76.61%)