1． 溶解血栓：

纳豆激酶，可直接分解血栓，每克湿纳豆溶栓效果相当于尿激酶 1600IU。纳豆激酶对血栓的作用时间长达8-12小时，而尿激酶作用时间只有30分钟。尿激酶只能注射，纳豆激酶即可注射也可口服，而且可以在毛细血管中发挥作用。纳豆在日本已食用1000年，是一种安全的食用血栓预防剂。
2.防止骨疏松：

纳豆辅助补钙的机理是：骨质是由维生素K2和优质蛋白质先形成骨元蛋白，再与钙生成骨质，蓄积骨中，增加骨密度这三大要素缺一不可。纳豆中包含大豆异黄酮和维生素K2。大豆异黄酮能防止骨中钙的溶解，而维生素K2则能够将钙固定于骨中。也就是说，大豆异黄酮和维生素K2的组合能相互协力，起到强骨的作用。
3.抗菌作用：

长野县卫生公害研究所进行的实验表明，纳豆的提取液可将3万各0-157致病性大肠杆菌减少到40个以下。最近的科学实验也已确认，纳豆菌对抑制0-157同类的0-111、0-144病原性大肠杆菌以及其它病原菌诸如，金黄色葡萄球菌、沙门氏杆菌、李斯特菌等同样有抑制作用。抗菌机理在于纳豆菌能够产生杀菌物质吡啶二羧酸
4.调节肠胃润肠通便排毒养颜：

纳豆菌不受胃液的强酸影响，并很快在肠道内定植。纳豆菌所产生的吡啶二羧酸，有效杀灭、抑制肠道内的有害菌和病毒。使肠内菌群达到一个有利健康的动态平衡，迅速解决便秘、肠炎、腹泻问题，还你一个健康的肠道。 为此，纳豆菌的润肠通便效果是立竿见影的。我们都知道大便中有50%到80%是肠内细菌及其尸体。肠内细菌活跃，大便就能顺畅。这就是润肠通便的理由。一天一次大便,可以清除宿便排除毒素。再加上纳豆激酶可以溶解毛细血管里的血栓、脂肪等，因而可以保证面色光泽红润。
5.明显改善女性更年期综合症：

大豆异黄酮是主要的植物雌激素之一，具有弱的雌激素样作用。纳豆中 30mg 异黄酮相当于大豆中 100mg 异黄酮的效果。妇女更年期症状和绝经后妇女易发的骨质疏松，主要是由于体内雌激素水平下降造成的。大豆类黄酮可以补充体内雌激素不足，不但可以明显改善更年期症状，而且可以防治女性骨质疏松。再考虑到纳豆排毒养颜和减肥作用，纳豆对女性来说是非常重要的保健食品。
6.缓型减肥直观降低餐后血糖：

纳豆菌在肠内大约能坚持1周左右，可以促进其它有益菌增殖。肠内细菌，重量约为1公斤。当然它需要饵食供给。人体吸收的营养就成为肠内细菌的饵食而被吞噬，再加上纳豆激酶可燃烧脂肪,由此就能减肥。还有纳豆粘物质发挥了浸溶、包裹的作用。因而纳豆减肥是缓型有效的,不会反弹。然而餐后血糖值出现明显下降趋势，是非常直观的。一是纳豆菌吞噬葡萄糖和粘物质的作用,二是纳豆中的高弹性蛋白酶（或称胰肽酶E，Elastase）,抑制了血糖增加。它具有与猪胰脏所含的这种酶的作用，而猪胰腺的弹性蛋白酶已用于高血糖的治疗药物。
7.解酒、保护肝脏：

纳豆酶进入人体后，通过三重渠道构建酒精防护屏障：进入人体肝脏系统，分解肝脏解酒压力，协助解酒；进入人体血管系统，在脑血管区域形成重点防护屏障，抵制酒精对大脑的抑制效应；进入人体消化道系统，迅速形成保护屏障，加速消化道酸性分泌，促进解酒。服用纳豆能迅速解决酒后不良反应，并能预防隔日醉。此外，纳豆中的多种活性物质活化肝细胞，促进肝细胞再生，提高肝功能，保护肝脏，有效预防改善脂肪肝。所以在日本广为流行一个谚语：“喝酒时多吃纳豆防二日醉酒”
8.预防高血压：

对遗传性高血压的老鼠，对照组（大豆）血压逐渐升至33.3Pa(250mmHg),合用纳豆的老鼠维持正常的18.7kPa(140mmHg)。这是因为纳豆菌食品中含有angiotensin converting enzyme(ACE)的inhibitor，它会阻止angiotensin变成active form。