日本著名的博物馆主要集中在东京、大阪和名古屋等大城市。但中小城市，甚至村镇中也都有一些独具特色的博物馆。

东京国立博物馆

位于东京都台东区，创建于１８７２年，占地面积１０余万平方米。以日本古代美术作品为中心，还收藏了亚洲古代工艺美术品共８８０００多件，其中包括普贤菩萨像、松林图屏风、平治物语绘词和白氏诗卷等８７件国宝。

国立西洋美术馆

位于东京都台东区，创建于１９５９年。共收藏了４４００件西洋绘画、雕塑作品，如罗丹的雕塑作品"思想者"、鲁本斯的绘画作品"丰饶"和雷诺阿的"阿尔及利亚风格的巴黎舞女"以及以莫奈、高更为首的印象派画家的绘画作品。

国立科学博物馆

位于东京都台东区，１８８２年开馆。馆内以不同内容分为五个专题馆，展品有恐龙的骨格复原像和由阿波罗宇宙飞船上的宇航员采集的月球岩石标本等。

江户东京博物馆

位于东京都墨田区，１９９３年开馆。分江户和东京两个馆区，用各种各样的资料和模型展示了不同时代的文化和风俗。

横滨玩偶之家

位于横滨中华街和山下公园之间，１９７９年开馆。是专门收藏玩偶的博物馆。馆内收藏了１３５个国家的９０００多个玩偶。

雕刻森林美术馆

位于美丽的箱根风景区，１９６９年开馆，为日本最初的野外美术馆。占地约７万平方米，内有包括罗丹在内的日本和西方著名雕塑家的作品，还辟有毕加索馆等，非常值得一看。

京都国立博物馆

开馆于１８９７年。主要收藏日本的出土文物和平安时代以来的美术、工艺美术作品，其中有很多国宝。

国立民族学博物馆

位于大阪府吹田市， 开馆于１９７７年。馆内收藏的标本资料多达２０多万件。其中世界各地不同民族的音乐和语言的展示和解说非常引人注目。