根据靖国神社官方文献记载，靖国神社的主祭神是在戊辰战争、佐贺之乱、西南战争等日本国内战争和甲午战争、八国联军、日俄战争、第一次世界大战、九一八事变、七七事变、第二次世界大战等对外战争中“为守护国家而牺牲”的246万6千余人的灵魂，神社方面称之为“靖国大神”。靖国神社供奉的人士包含维新志士吉田松阴、高杉晋作、坂本龙马。神社内供奉死者近二百五十万，故并没有骨灰或牌位，而只是将死者的姓名和资料记录在《霊玺簿》(旧称《祭神簿》)之上。死者的灵魂计算单位为“柱”，作为祭神的死者在姓名后加上“命”字尊称,如“山本五十六命”。根据靖国神社列出的祭祀名单，靖国神社祭祀的有阵亡的军人、参加战场救护工作时死亡的医护人员和女学生、于学生动员中在军需工场死亡的学生、在战争中死亡的军属、文官、民间人士等，也有出身台湾及朝鲜半岛而作为日本军人阵亡的人、被俘在押过程中病死或负伤回国后死亡的军人等，还包括在第二次世界大战结束后作为战争罪犯被处决的人。对于这些身份、功勋、性别不同的人，神社方面声称要无差别地作为“为祖国殉难的尊神(靖国大神)”而一律平等地祭祀。神社方面声称“靖国神社唯一的目的是“慰藉并彰显为国家献出生命的人们””，并声称“靖国神社祭祀的246万6千余柱神灵，在“为了守护祖国的公务而死亡的人们的灵魂”这一点上是共通的”。但是，1965年7月，由当时的宫司筑波藤磨提案、在拜殿左侧建造了名为“镇灵社”的小建筑，祭祀嘉永6年(1853年)以来的战争中本殿内没有祭祀的灵魂。靖国神社的文献显示“镇灵社的御祭神是奉慰的对象，御本殿的御祭神是奉慰顕彰的对象”，有了明确的差异。对于靖国神社供奉战争罪犯和出身台湾、朝鲜半岛的日本军人，中国、朝鲜、韩国，尤其是中国和韩国强烈不满“供奉战争罪犯”。

靖国神社内，最让人留下深刻印象的还是游就馆。游就馆的取名，是源于《荀子·劝学篇》中“故君子居必择乡，游必就士，所以防邪僻而近中正。”的“游必就士”之意而来，原文意思是：居住要选择合适的地方，交游要接近贤德之人，是以免入歧途，做正确的事。游就馆是靖国神社内的一个战争博物馆(但博物馆法不适用于此)，成立于1882年(明治15年)，是日本历史最悠久的军事博物馆。游就馆展览的主题是“战争”，主要有日本在近代战争中所使用的武器、军人遗品、战时资料等约10万点，军人遗影约5000枚。另外，日本进攻珍珠港成功后所发电报、战败后日本陆军大臣阿南惟几自杀之前的遗书也陈列其中。

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