关于国旗，世界各国自有其独特的起源，多数说法中最普遍的是起源于跨越国境的海上船只用国旗表明所属国家的用法。

日本国旗也称作“日章旗”（日の丸，日之丸），旗面上一轮红日居中，辉映著白色的旗面。传说日本是天照大神创造的，而天皇就是天照大神的子孙。公元8世纪时这面旗帜就开始为天皇使用，当时称作“天皇旗”。19世纪中叶开始，日章旗逐渐成为代表日本的旗帜，所有日本船只悬挂著的就是这面旗帜。1870年正式定为日本海军旗帜，白色象征神圣、和平、纯洁及正义，红色则象征真挚、热忱、活力和博爱。

“太阳旗”作为日本国旗的历史要追溯于《续日本纪》（继《日本书纪》之后的历史书），公元701年正月元旦也是文武天皇（第42代天皇）统治时期（大宝元年）举行了朝拜天皇仪式，仪式会场挂有“太阳图像”标志的旗帜，据说这就是日之丸的最初原型。

现存最古老的太阳旗是后冷泉天皇赐给源义光（别名新罗三郎，平安时代后期的武将）的旗子，据说也是甲斐源氏家族和甲斐武田家族的传家宝。此后据说新罗三郎义光的父亲源赖义把后冷泉天皇恩赐的日之丸御旗定为源氏嫡系的标志。源平合战时期，绘有日之丸图案的扇子被那须与一（日本镰仓前期的武士）一箭射下的传说广泛流传。室町时代时期日本对中国明朝的贸易中，配有朱印状（海外贸易许可证）的日本船只的船尾都挂上日之丸旗帜表明日本国籍。